Клиника Кристиана Допплера также является частью комплекса, относящейся к университетской клинике Зальцбурга, и в свою очередь состоит из следующих отделений:

• отделение гериатрии специализируется на лечении заболеваний и пациентов престарелого возраста с целью сохранить максимальную самостоятельность и мобильность, и тем самым улучшить качество жизни пожилых пациентов. 
• отделение нейрохирургии. В трёх современно оснащённых операционных залах (микроскопы с мощностью 5-ALA ICG-модулем, нейронавигация, нейроэндоскопия, стереотаксис) предлагается весь спектр нейрохирургических операций (в основном микронейрохирургия). В специальном дополнительном помещении проводятся ангиографии в качестве диагностики, а также эндоваскулярные интервенционные процедуры. 
• отделение неврологии покрывает полный спектр неврологической диагностики, включая методику дифференцированной нейровизуализации, диагностику жидкости костного мозга в головном мозге, а также все методики лечения хронических и острых неврологических заболеваний.  Около 1.800 пациентов ежегодно проходят лечение в этом отделении. Специализацией являются такие заболевания как эпилепсия, заболевания сосудов головного мозга, нейроиммунологические заболевания, дегенеративные отклонения мозга и нейроонкологические заболевания. Особенной специализацией является лечение инсульта на ранней или острой стадии.
• отделение психиатрии и психотерапии (включающее в себя судебную психиатрию и стационарную психотерапию, психосоматическую медицину и отделение детской и юношеской психиатрии) Отделения этой направленности- ещё одна специализация клиники Кристиана Допплера. Здесь проходят лечение по самым современным методикам  пациенты с самыми различными психическими заболеваниями и зависимостями. 
• отделение клинической психологии предоставляет клиническую психологическую помощь всем пациентам клиники. 
• отделение нейрорадиологии клиники располагает оснащённым по мировым стандартам оборудованием.